Karaciğerin enflamasyonu, tıbbi ozon için klasik tedaviler arasında sayılır. Kullanılan virüs öldürücü ilaçların yanı sıra rektal ve kan ozonlonması karaciğer hasarının iyileşmesini sağlar. Karaciğer yağlanmasında oldukça etkilidir. Hepatit A (HAV = hepatitis A virus) diğerlerine göre problemsiz ve tamamen iyileşebilirken, virüsün diğer şekli, hepatit B (HBV = hepatitis B virus), sıklıkla kronik bir şekilde seyreder. Burada klasik tıbbi tedaviye ek olarak ozonlu kan transfüzyonu ya da rektal yolla ozon/oksijen gazının kontrollü bir şekilde verilmesi ile başarılı sonuçlar alınmıştır. Aynı yöntemler ayrıca kuluçka süresi yıllar süren ve kronikleşene kadar bir karaciğer hastalığı olarak teşhis edilemeyen hepatit C hastalığına da uygulanır.