Proktit ve kolit gibi enflamasyonlu bağırsak hastalıkların özellikle erken dönemlerinde rektal ozon gazı verilmesi şeklinde yapılan lokal uygulamanın çok yararlı olduğu kanıtlanmıştır. Birçok durumda arka arkaya 10 seans ozon uygulanması yeterli olur. 248 hasta üzerinde yapılan proktitis klinik çalışmasında hastaların %90’ı 10 seans sonunda iyileşmiş ve sadece %10’unda daha uzun uygulama gerekmiştir.